Долго остававшаяся в тени загадка эволюционного древа млекопитающих неожиданно привела к тому, что бегемоты «уплыли» к китам, а не остались пасущимися рядом с другими наземными животными. Переломным моментом стали генетические данные и малоизвестные кости лодыжки, которые неожиданно указали в одну и ту же сторону.
Сначала привычное представление разрушила молекулярная филогенетика. Сравнивая последовательности ДНК у разных млекопитающих, исследователи обнаружили, что геномы бегемотов образуют плотную группу с китами и дельфинами, а не со свиньями и другими копытными соседями. Анализ молекулярных часов, где скорость накопления мутаций используется как эволюционный метроном, показал, что их линии разошлись очень давно, от общего предка, уже приспособленного к жизни у кромки воды.
Затем картину дополнила палеонтология. У ранних родственников китов обнаружили характерную двублоковую кость лодыжки — астрагал, важный признак строения конечностей парнокопытных. Похожие структуры нашли и в окаменелостях, относящихся к основанию эволюционной ветви бегемотов, что укрепило связь между группами. Рисунок эмали зубов, форма слуховых костей и соотношения изотопов кислорода в окаменевших останках также указывали на полуводный образ жизни, демонстрируя, что обе линии унаследовали уже сформированный «водно‑береговой» тип телосложения, приспособленный к мелководью.